한편 관세청은 홍콩세관과의 협의를 통해 7월 2일부터 중국에서 출발하여 홍콩을 경유한 수입 화물에 대해 홍콩세관에서 비가공증명서를 발급받을 수 있게 하였다.

이로 인해 아시아·태평양 무역협정(Asia-Pacific Trade Agreement, 이하 APTA)을 원활히 적용받을 수 있는 직접 운송 입증서류의 범위가 확대됨에 따라 무역업계는 관련 협정의 특혜세율을 적용받을 수 있게 된다. APTA는 1976년 방콕협정으로 시작한 아시아·태평양 지역 국가들 간의 특혜 무역 협정으로 현재 회원국은 6개국이다(한국-인도-스리랑카-방글라데시-라오스-중국).

그동안 중국에서 출발하여 홍콩을 경유한 뒤 한국으로 수입되는 화물이 APTA 특혜세율을 적용받기 위해서는 협정의 필수서류인 통과선하증권을 제출하도록 되어 있었다. 이는 경유국에서 거래나 소비되지 않고 단순포장 외의 특별한 가공을 하지 않았음을 입증하는 것이다.

그러나 최근 들어 대법원에서 통과선하증권을 발급받을 수 없는 특별한 사정이 있는 경우에는 대체서류로 직접운송을 증빙할 수 있다고 판시하는 등 입증서류의 인정범위 확대에 대한 필요성이 계속 제기되었다.

이에 따라 관세청과 홍콩세관은 지난 5월 홍콩에서 개최된 한-홍콩 원산지협력회의에서 이 문제를 논의했다. 그 결과 중국에서 출발하여 한국으로 운송되는 홍콩 경유 화물에 대해 홍콩세관이 비가공증명서를 발급하기로 합의하고 제도의 시행을 위한 세부사항에 대해 협의해 왔다.

지난 6월 24일 한-홍콩 관세당국 간 협의가 완료됨에 따라 직접운송 증빙서류의 인정범위가 확대되었다. APTA 특혜세율을 적용받길 원하지만 통과선하증권을 발급 받을 수 없는 업체들이 홍콩세관에서 발급하는 비가공증명서를 통해 혜택을 볼 수 있게 되었다.