정부는 지난 7월 6일 하반기 경제운용방향을 발표하고 중소 물류기업의 구조조정 촉진을 위한 세제지원을 확대할 방침이라고 밝혔다.
이에 따라 물류기업 간 주식교환시 양도소득세 과세이연제도의 일몰시한이 2009년까지 3년간 연장되고, 기업간 합병시에는 피합병법인의 이월결손금승계 요건이 완화된다.
물류기업 간 주식교환시 양도소득세 과세이연제도란 중소 물류법인의 지분을 10%이상 가진 주주가 보유주식을 전략적 제휴에 따라 자기주식 교환 또는 현물출자하는 경우, 주식양도차익에 대한 양도소득세를 주식처분할 때까지 과세이연해주는 제도다.
또한 물류기업끼리 합병할 경우, 합병법인의 이월결손금 승계 허용요건을 피합병법인 주주가 취득한 합병법인 주식의 지분비율 3%(현행 10%) 이상으로 완화된다.
한편 정부는 중소기업 자가물류시설 매각 양도차익에 대한 법인세 과세이연제도를 신설해 올해 안으로 조세특례제한법 개정을 추진키로 했다.
이 제도는 2009년말까지 1년 이상 사업을 영위한 중소기업이 제3자 물류로 전환하기 위해 토지·건물·설비 등 자가물류시설을 처분하는 경우 발생한 양도차익에 대해 3년거치 3년분할 익금산입 조건으로 과세이연한다는 내용이다.
제3자 물류로 전환하려면 처분이후 3년동안 연간 물류비용의 70%이상을 특수관계가 없는 제3자에게 물류비용으로 지출해야 하며, 물류시설의 범위는 화물의 운송·보관 또는 하역 등 화물의 유통을 위한 창고 등이 포함된다.